Embora o comunismo, como ideologia e movimento politicamente organizado, esmaecesse, depois do colapso do Bloco Socialista e da dissolução da URSS em 1991, e Cuba deixasse de sustentar a luta armada, as guerrilhas na Colômbia nunca cessaram. Tornou-se o mais longo conflito armado ocorrido no século XX, pois eclodira no final dos anos 40, como conseqüência da guerra civil entre o Partido Liberal e o Partido Conservador. O assassinato do líder liberal  Jorge Eliécer Gaitan pelo cartel de Medelín provocou o Bogotazo, violentos distúrbios que ocorrerem em Bogotá, em 1948, no momento em que a IX Conferência Interamericana lá se reunia para recriar a União Pan-Americana, sob o nome de Organização dos Estados Americanos. As manifestações, com a participação dos trabalhadores e camponeses, espraiaram-se por toda a Colômbia. O presidente Virgílio Barco impôs medidas de emergência e os EUA anunciaram a possibilidade de deslocar tropas para ajudar a Colômbia a combater o tráfico de drogas1 . Mas, arrefecidas as manifestações, o setor mais radicalizado do Partido Liberal deflagrou a luta de guerrilhas, que posteriormente passou a passou a receber respaldo da URSS, Cuba e China.

Em 1964-1965, o governo colombiano, com o apoio dos EUA através da Operation for Security of Latin America (OSAL), desencadeou a Operación Marquetalia envolvendo 16.000 soldados, helicópteros, aviões de ataque e assessores norte-americanos, e conseguiu derrotar as guerrilhas e reconquistar as áreas onde elas haviam implantado as repúblicas camponesas, durante a repressão, conhecida como La Violência, em que cerca de 200 mil pessoas morreram entre 1948 e 1953. Com o respaldo de Cuba e da China, os remanescentes reagruparam-se e formaram as FARC e o Exército de Libertação Nacional (ELN), assim como o Exército Popular de Libertação, de tendência maoísta. E, no correr do tempo, a insurgência política – promovida fundamentalmente pelas FARC – expandiu-se e ocupou territórios dominados pelos negócios da droga, cuja produção e comercialização os guerrilheiros passaram a proteger por se tornar sua importante fonte  de financiamento. Assim, mediante a cobrança de um "imposto" aos traficantes em territórios controlados pelas FARC e pelo ELN, os objetivos políticos da guerrilha entreteceram-se com os interesses do narcotráfico, e elas em muitos aspectos tornaram-se melhor financiadas que o governo colombiano. Por outro lado, em 1965, o governo conferiu ao exército a autoridade de armar os civis com o objetivo de sustar o avanço das guerrilhas e fazendeiros e outros proprietários começaram a organizar unidades paramilitares, que também se associaram ao narcotráfico, dando-lhe proteção e também cobrando impostos como contrapartida. Graças à intervenção providencial do exército, essas unidades, conhecidas como Autodefensas Unidas de colômbia (AUC), fortaleceram-se militarmente e desde  1998 implantaram-se ao oeste de Caquetá (zona de Sabaneta), assim como em Putumayo (Puerto Asís, La Hormiga e ao longo do rio Caquetá, fronteira natural entre ambos departamentos). Depois, as AUC, sob o comando de Carlos Castaño, conquistaram territórios sob o controle da ENL, particularmente na região de San Pablo, zona que foi bombardeada durante varias semanas em princípios de  1999, e atacaram regiões dominadas pela FARC, no Urubá chocoano, perto da fronteira com o Panamá, e o norte de Santander, perto da Venezuela, ameaçando com represálias o presidente Hugo Chávez e seu exército, assim como a Guardia Nacional do Panamá, sob a alegação de que protegeram e colaboraram com a guerrilha.

Um triângulo de violência, com as forças de segurança em uma das pontas e os guerrilheiros e paramilitares nas outras duas, formou-se na Colômbia, onde a luta armada converteu-se em problema crônico, pois, se nenhum governo não conseguiu extirpá-la, as FARC e o ELN também nunca tiveram condições de derrubá-lo e assumir o poder. Porém, com a queda do Muro de Berlim, a dissolução do Bloco Socialista e da própria URSS, em 1991, o comunismo deixou de representar o grande inimigo, que ameaçava a ordem econômica, social e política das democracias capitalistas do Ocidente. Cuba perdeu sua importância estratégica e a legitimidade para uma intervenção na América Latina desvaneceu-se. E sem um inimigo visível, com capacidade para confrontar seu poderio militar, os EUA trataram de descobrir novas ameaças, de modo a justificar a permanência dos sistemas nacionais e internacionais de defesa, bem como os orçamentos destinados a sustentar o complexo industrial-militar, cuja influência o presidente Dwight  D. Eisenhower denunciara, ao despedir-se do governo, em 17 de janeiro de 19612 . Essas novas ameaças, identificadas nos documentos sobre a estratégia de defesa dos EUA, eram, pela ordem de importância e capacidade de afetar o sistema capitalista, o fundamentalismo islâmico, o terrorismo e o narcotráfico. A defesa da segurança nacional constituiu a rationale para a militarização do combate ao narcotráfico, que começara na administração do presidente Richard Nixon (1969-1973) e se evidenciou, em 20 de dezembro de 1989, quando o presidente dos EUA, George Bush (1989-1993), ordenou a invasão do Panamá (Just Cause Operation), violando as leis internacionais, a pretexto de prender o presidente Manuel Antônio Noriega e submetê-lo à justiça norte-americana por tráfico de droga, mas com o objetivo de testar, em um cenário contemporâneo, o planejamento e a execução conjunta de operações de contingência em países menos desenvolvidos. Essa rationale – proteger a segurança nacional - permitiu prover mais recursos e armamentos para o combate ao narcotráfico, elevando o orçamento de menos de US$ 1 bilhão, em 1970, para mais de US$ 16 bilhões em 1999, e foi reforçada, mediante a vinculação dos movimentos de guerrilha ao negócio de drogas. Daí a expressão narcoguerrilha, cunhada nos EUA, que substituíram a luta contra o comunismo pelo combate ao narcotráfico, como pretexto para tutelar e intervir na América do Sul, destinando, em 1999, cerca de 90% dos seus custos com assistência militar e policial, e 50% do treinamento, a apenas quatro países dos Andes - Bolívia, Equador, Peru e especialmente Colômbia.