Após um período de crescentes dificuldades entre o Brasil e os Estados Unidos, no curso nas décadas de 1970 e 1980, Fernando Collor de Melo (1990-1992), o primeiro presidente da República eleito pelo voto direto desde 1960, prometeu que sua visita a Washington, em 1991, marcaria o fim de uma "fase amadorística (sic) e romântica" nas relações dois países. Empenhou-se em esvaziar o contencioso, que havia, e iniciou a desregulamentação e liberalização do economia, fazendo diversas concessões aos Estados Unidos, cedendo e concedendo, sem exigir reciprocidade. Seu sucessor, Itamar Franco (1992-1995), com viés nacionalista, moderou o discurso e a prática liberalizante do governo de Collor de Mello, ao mesmo tempo em que tratou de conter a inflação e estabilizar a moeda, mediante a execução do Plano Real. Fernando Henrique Cardoso, seu sucessor, assumiu a presidência da República em 1995, com a pretensão de revitalizar a agenda Brasil-Estados Unidos, "sem as incompreensões do passado". Reconheceu as divergências que existiam como "próprias dos relacionamentos caracterizados pela amplitude de interesses recíprocos" e, através do diálogo, procurou sobrepor ao contencioso bilateral cotidiano uma agenda mais abrangente, incluindo a "crescente democratização das relações internacionais". Ao longo de seus dois mandatos (1995-1999 e 1999-2003), procurou ajustar os objetivos do Brasil aos interesses dos Estados Unidos, ou seja, à nova ordem internacional unipolar, de modo a facilitar-lhe a inserção, harmoniosamente, no processo de globalização econômica e permitir-lhe a obtenção de um lugar permanente no Conselho de Segurança da ONU. A adesão ao TNP, ao Regime de Controle de Tecnologia de Mísseis (MTCR), e a outros tratados assimétricos e discriminatórios, como a Organização Mundial do Comércio (OMC), que sagravam a predominância dos Estados Unidos e das potências ricas e nucleares, constituíram aspectos marcantes de tal esforço.

Entretanto, a adoção de políticas econômicas neoliberais, como conseqüência da renegociação da dívida externa e das condicionalidades estabelecidas pelo Fundo Monetário Internacional e pelo Banco Mundial, tais como redução do Estado, através da privatização, desregulamentação e reforma institucional, bem como a manutenção de um regime de taxas fixas ou semi-fixas de câmbio, em geral, sobre-valorizado, aumentaram enormemente a vulnerabilidade externa do Brasil, sobretudo a partir de 1999. A privatização, ou melhor, a estrangeirização das empresas estatais, dos setores de telefonia e energia elétrica e outros, com a entrega do seu controle aos capitais estrangeiros, foi um dos aspectos mais perversos das políticas neoliberais, pois, nada contribuindo para o aumento das receitas de exportação, essas empresas, desnacionalizadas, passaram a pressionar o balanço de pagamentos, agravando o desequilibro, com a transferência de lucros para as suas matrizes no exterior. O déficit na balança de serviços saltou de US$ 15,3 bilhões, em 1990, quando o processo inflacionário se intensificara no Brasil, para US$ 28,8 bilhões, em 1998, e o déficit nas transações correntes pulou de US$ 3,7 bilhões para US$ 33,6 bilhões, no mesmo período. Com um déficit comercial acumulado, entre 1995 e 1999, da ordem de US$ 24,9 bilhões, após anos consecutivos de saldo positivo, o Brasil defrontou-se com a necessidade de ter de captar, anualmente, cerca de US$ 40 bilhões a US$ 50 bilhões, no mercado internacional, para atender aos compromissos com o pagamento de juros e transferência de lucros, fretes e royalties, bem como  amortizar os empréstimos e fechar as contas externas.

Não obstante o forte apoio dado ao Brasil, diretamente, pelo presidente dos Estados Unidos, Bill Clinton, quando ocorreu a crise financeira de 1999, o projeto da ALCA, tal como pretendido por Washington, continuou como o nervo mais sensível das divergências entre o Brasil e os Estados Unidos, na medida em que os objetivos econômicos, políticos e estratégicos dos dois países se contradiziam, encapados pelo conflito de interesses comerciais. O escopo da ALCA consistia em revivificar a Doutrina Monroe, em sua dimensão econômica e comercial, e permitir aos Estados Unidos não apenas restabelecer sua hegemonia sobre a América Latina como enfrentar a União Européia, embrião do futuro Estado europeu (meta do Tratado de Maastricht) do qual a Alemanha, que já incorporava ao seu espaço econômico a Rússia e os demais países do extinto Bloco Socialista, constituía o epicentro. Fernando Henrique Cardoso, depois da aprovação Trade Promotion Authority (TPA), pela Câmara de Representantes, em fins de 2001, afirmou que, "se as condicionantes forem levadas ao pé da letra, isto significa que não haverá ALCA". E acrescentou, enfaticamente, que "a ALCA será aceita ou não dependendo do nosso interesse. Tem que ser uma toma lá da cá".

Fernando Henrique Cardoso manteve bom relacionamento direto com Boll Clinton, mas as divergências com os Estados Unidos explicitaram-se em várias outras questões de política exterior, com respeito, sobretudo, à América do Sul, e à possível intervenção armada na Colômbia, a pretexto de combater a narcoguerrilha, assim denominada porque os negócios da droga se converteram na mais importante fonte de financiamento da insurgência política. O Brasil proibiu a utilização do seu território para qualquer operação militar na Colômbia, porquanto contrariava os princípios de não-intervenção e auto-determinação, que pautavam tradicionalmente sua política exterior. E continuou a não aceitar que, sob pretexto estratégico-militar ou de combate ao narcotráfico, os Estados Unidos estendessem suas instalações militares à Amazônia brasileira, cuja defesa sempre preocupou as Forças Armadas brasileiras, que passaram a implementar a "estratégia de resistência", como hipótese de guerra contra uma potência tecnologicamente superior.